番紅0的染色原理是嗜堿性的軟骨與堿性染料番紅O結合呈現紅色，嗜酸性的骨和酸性染料固綠結合而成綠色，與被染成紅色的軟骨對比鮮明，從而將軟骨組織和骨組織區分開(kāi)。番紅O是一種結合多陰離子的陽(yáng)離子染料，其顯示軟骨組織是基于陽(yáng)離子染料與多糖中陰離子基團（硫酸軟骨素或硫酸角質(zhì)素）結合。番紅O著(zhù)色與陰離子的濃度近似成正比關(guān)系，間接反映基質(zhì)中蛋白多糖的含量和分布。當軟骨受到損傷時(shí)，軟骨中的糖蛋白會(huì )釋放出來(lái)，使基質(zhì)成分分布不均勻，從而導致番紅O淡染或不著(zhù)色。可通過(guò)圖像分析軟件對番紅O染色的軟骨基質(zhì)進(jìn)行定量分析。固綠與膠原纖維結合，不宜褪色。番紅O-固綠染色的分化很關(guān)鍵，分化過(guò)度易導致切片不著(zhù)色，分化不足易導致切片著(zhù)色過(guò)深。

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